据医院官网2015年12月信息显示：医院拥有1个国家重点实验室、2个教育部重点实验室、9个北京市重点实验室，12个全军医学专业重点实验室，国家临床医学研究中心1个，国际联合研究中心1个，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。

国家重点实验室（1个）：肾脏疾病国家重点实验室

教育部重点实验室（2个）：肿瘤靶向治疗和抗体药物教育部重点实验室、聋病教育部重点实验室

北京市重点实验室（9个）：北京细胞工程和抗体药物重点实验室、肾脏疾病研究北京市重点实验室 、皮肤损伤修复与组织再生北京市重点实验室 、骨科再生医学北京市重点实验室、衰老与相关疾病北京市重点实验室、肺损伤与感染北京市重点实验室、心血管疾病微创技术研究北京市重点实验室、骨科植入医疗器械工程技术研究中心、聋病防治北京市重点实验室

全军医学专业重点实验室（12个）：肾脏病、肺损伤与感染、老年心血管病、骨科战创伤、声损失防护、数字肝胆外科、创伤修复与组织再生、肿瘤学、口腔颌面修复等

国家临床医学研究中心（1个）：肾脏疾病国家临床研究中心

国际联合研究中心（1个）：机器人微创心血管外科国际联合研究中心 据医院官网2015年12月信息显示：医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖22项，国家发明奖3项，军队科技进步一等奖21项。医院承担“973”、“863”等各类课题800多项，在中国国内、国际公开发表的论文总数和国内论文被引用次数连续4年居全国医院之首。

2009年全院承担各级别科研课题740余项，在研经费3.1亿元。近5年获国家科技进步奖12项（一等奖2项，二等奖10项），获北京市科学技术奖21项（一等奖4项，二等奖13项，三等奖4项），获军队奖172项（科技进步奖52项，医疗成果奖120项）。2008年国内论文总数在全国医疗机构中排名第一（3056篇），中国国内论文被引次数在全国医疗机构中排名第一（10214次），MEDLINE收录论文数在全国医疗机构中排名第二（307篇），SCI收录论文数在全国医疗机构中排名第十一（122篇）。

2014年国家科学技术奖

国家创新团队奖：“解放军总医院器官损伤与修复综合救治创新团队”（陈香美、付小兵院士牵头）

国家技术发明二等奖：“微波消融设备的研发与临床应用”项目（内科临床部超声介入科梁萍教授）

国家科技进步二等奖：“肝胆胰微创外科技术研究及其推广应用”项目（内科临床部肿瘤外二科刘荣教授申）、“战创（烧）伤软组织毁损修复与功能重建系列技术创新与应用”项目（304临床部烧伤整形科柴家科教授） 据医院官网2015年12月信息显示：医院主办中国科技核心期刊23种，被SCI收录期刊1种。

《解放军医学院学报》：月刊，1980年3月创刊。中国科技核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中国生物医学文献数据库收录期刊、美国化学文摘(CA)收录刊、美国乌利希期刊指南收录刊、哥白尼索引(IC)收录刊。

《中华老年心脑血管病杂志》：月刊，1999年12月创刊。中国医药卫生核心期刊、中国科技论文统计源期刊、(中国科技核心期刊)、2015期刊数字影响力100强、2015年中国医药卫生媒体最佳实践创新奖 。

《中华耳科学杂志/JOURNAL OF OTOLOGY》：2003年创刊，是中文核心期刊、中国科学引文数据库来源期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科技核心期刊。是国内唯一的耳科学领域的专业学术期刊。

《中国医院感染学杂志》：半月刊 1991年9月创刊。中国科技论文统计源期刊、中文核心期刊、中国自然科学核心期刊、中国医药卫生核心期刊、中国学术期刊 文摘收录刊、美国化学文摘（CA）收录刊、精品科技期刊TOP50、USA-CSA来源期刊、POL-IC来源期刊、JPN-JST来源期刊、UK-CABI来源期刊、USA-ULrichsweb来源期刊、WHO-WPRIM来源期刊。

《中华保健医学杂志》：双月刊 1999年3月创刊 。中国学术期刊网络出版总库、中国学术期刊综合评价数据库收录期刊、中国期刊全文数据库（CJFD）收录期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊） 。

《中国医学影像学杂志》：月刊 1993年10月创刊。中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库来源期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊、国家卫生部核心期刊。

1、《中华内科杂志》：为中国科学技术协会主管、中华医学会主办的内科领域学术期刊，创刊于1953年，前身为1949年10月创办的《内科学报》。截至2015年4月，《中华内科杂志》第十届编辑委员会有顾问7人、编辑委员147人、特约编委3人。

2、《中华外科杂志》：是中国科学技术协会主管、中华医学会主办并直接出版的外科综合性高级学术期刊。 据2018年10月《中华外科杂志》官网显示，《中华外科杂志》第十三届编辑委员会拥有顾问11人，编委123人，通讯编委106人。

3、《中国康复理论与实践》：是由中国残疾人康复协会、中国医师协会和中国康复研究中心主办的国家级学术期刊，为国家科技部中国科技论文统计源期刊、中国科技核心期刊、《中文核心期刊要目总览》入编期刊，创刊于1995年12月，国内外公开发行。

4、《中华心血管病杂志》：创刊于1973年2月，中华医学会主办的系列医学专业学术期刊中的一种。目前为月刊。设有述评、对策研究、临床研究、基础研究、流行病学与人群防治、综述、继续教育园地等栏目。

5、《中国实用外科杂志》创刊于1981年，是由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管、中国医师协会和中国实用医学杂志社联合主办的医药卫生科技刊物。?

据2019年7月《中国实用外科杂志》编辑部官网显示，《中国实用外科杂志》第八届编委会顾问有28人、资深编委有34人、编委有177人、特邀编委有48人。